Бджолиний мед не є стерильним. Він завжди містить мікроорганізми (бактерії або дріжджі). У цьому звязку його мікрофлора дуже різноманітна. Одиницею виміру цієї флори є не окремий мікроорганізм, а можливість розмноження мікроорганізмів, незалежно від того, чи йде розмноження від одного мікроба або від групи мікробів. Її виражають в одиницях КОЕ/г (колониеобразующих одиницях на грам меду).

Залишаючи фабрику по виробництву меду, сирий мед може мати зміст мікробів між 300 і 600 КОЕ/м. Аналітичне дослідження ферментації цукрів меду дає мале подання про її причини. Із проб 675 видів меду можна виділити, як мінімум, 179 різних видів мікроорганізмів, більшість із яких становлять дріжджові грибки. Найбільш активні штами дріжджових грибків ставляться до родів Aureobasidium, Trichosporonoides і Trichosporon. [ 260-368]. Також у меді виявляються деякі комахи, для яких він є гарним джерелом їжі, завдяки якому вони процвітають. Найбільш активною комахою є сухофруктовый кліщ, що носить чарівну назву Carpoglyphus lactis. Його потенційна активність дуже висока і являє собою більшу проблему, що у випадку зараження варто вирішувати дуже швидко, у противному випадку буде загублений весь запас меду. [ 270-8].