Бджоляр повинен приділяти особливу увагу запобіганню забруднення продуктів бджільництва токсичними речовинами, які небезпечні для здоровя. Продукти для терапевтичного застосування не повинні містити слідів важких металів (свинцю, ртуті, кадмію й міді). Зміст залишкових кількостей антибіотиків і сульфонамидов (вимірюване в пробилле - частинах на більйон) повинне бути менш 10 пробилле для всіх антибіотиків.
Присутність залишкових кількостей пестицидів також заборонене (хлорорганических і фосфорорганических зєднань і їхніх компонентів), а також присутність PCB (парахлорбензола), мишяку, n-гексана, кліщів, комах (мух) або диэтиленгликоля. Присутність цих речовин звичайно вказує на забруднення навколишнього середовища навколо пасіки. [ 184-30; 270-7].
Максимальні рівні бактеріального забруднення також визначені для всіх продуктів, які, у звязку із цим, повинні проходити досить ретельні обробки, що консервують, здатні позбавити від них (насамперед - від патогенних бактерій). Вологість продукту часто є вихідною умовою для розмноження бактерій у меді й, особливо, у пилку.
Також слід дотримуватися обережності щоб уникнути використання продуктів, отриманих із зон радіоактивного забруднення, наприклад - із зони ядерної катастрофи в Чорнобилі.
